A TIJUPÁ é formada por três instâncias administrativas para tomada de decisões, definidas em seu Estatuto Social: Assembleia Geral, Conselho Diretor e Conselho Fiscal.
Assembleia Geral
A Assembleia Geral é o órgão máximo de deliberação da organização e suas decisões incidem direta e permanentemente na sua gestão institucional. A Assembleia ocorre ordinariamente uma vez por ano e extraordinariamente sempre que necessário. É composta pelo conjunto de associados/as da TIJUPÁ, que hoje estão em número de 48 pessoas (28 mulheres e 20 homens). Suas principais atribuições são: definir as linhas estratégicas de ação; deliberar sobre os planos de ação anuais; analisar as contas anuais; eleição do conselho diretor; inclusão e demissão de associados/as; e alterações estatutárias.
Conselho Diretor
O Conselho Diretor é o órgão diretivo da entidade, operador direto da gestão institucional, sendo composto de 03 membros efetivos e 03 suplentes, eleitos em Assembleia Geral. Os cargos dessa instância são: Presidente, Diretor Financeiro e Secretário — que formam a executiva do Conselho, tendo um suplente para cada um desses cargos. Seus membros são escolhidos dentre os(as) associados(as) para um mandato de 03 anos.
Tem como atribuições: proceder à execução das resoluções da Assembleia Geral; convocar as assembleias gerais ordinárias e extraordinárias; propor a atualização do projeto político e a missão institucional da associação; conduzir a política nas áreas técnica e administrativo- financeira; deliberar sobre novos projetos e áreas de atuação; acompanhar o desempenho dos projetos em andamento e as relações da entidade com a sociedade civil, movimentos populares e órgãos governamentais, resguardando a sua autonomia; fiscalizar a administração contábil- financeira e definir a política salarial; e movimentar os recursos financeiros da TIJUPÁ.
Conselho Fiscal
O Conselho Fiscal é uma instância autônoma de fiscalização que zela pela boa aplicação e transparência dos recursos, incidindo também no acompanhamento das atividades e seus resultados. É composto por 03 membros efetivos e 03 suplentes também eleitos em Assembleia Geral, com mandato de 03 anos coincidentes com o do Conselho Diretor.
Ao Conselho Fiscal compete: o exame dos livros e documentos de escrituração contábil e da prestação de contas, com o poder de solicitar esclarecimentos adicionais e de emitir parecer parcial, a qualquer momento, e o parecer anual para ser apreciado pelos associados em Assembleia Geral; solicitar os relatórios de receitas e despesas, assim como a documentação comprobatória das operações econômico-financeiras realizadas; e convocar Assembleia Geral Extraordinária, quando achar necessário.
Vale destacar que as atividades realizadas por Conselheiros-Diretores, Conselheiros-Fiscais e associados são inteiramente gratuitas, sendo-lhes vedado auferir lucros, bem como gratificações, bonificações ou vantagens de qualquer natureza.
Colegiado de Coordenação
Existe ainda, na estrutura executiva da TIJUPÁ, a Coordenação Colegiada, composta pelos coordenadores(as) dos programas institucionais definidos no seu plano estratégico e o gerente administrativo. Subordinada ao Conselho Diretor, esse colegiado é um órgão de assessoria, auxiliando o mesmo na realização das ações programáticas e na execução físico-financeira dos recursos.
Assessora o planejamento e a execução das atividades e orçamentos à luz dos contratos e convênios celebrados com as organizações parceiras financiadoras dessas ações. Também tem a função de monitorar, avaliar e sistematizar o alcance dos resultados decorrentes das ações executadas e levá-los à apreciação e análise do Conselho Diretor.
Os/as coordenadores(as) de programa são responsáveis por executar o Planejamento, Monitoramento e Avaliação da TIJUPÁ, em conjunto com os demais membros da equipe e parceiros/as; confeccionar os relatórios anuais que são apresentados na Assembleia Geral; fazer a representação política da organização em redes, fóruns e articulações, assim como das instâncias de políticas públicas; coordenar as atividades dos projetos e das equipes; e fazer a gestão dos projetos em curso.